"Rezerwy" w tym sezonie zanotowały spadek z trzeciej do czwartej ligi. Między innymi ten fakt wpłynął na decyzję o likwidacji. Kolejnym powodem były wysokie koszty utrzymania i fakt, że niewielu zawodnikom udawało się przebić do pierwszej drużyny, a to miało być jednym z głównych celów utrzymywania "rezerw".
O drugiej drużynie białostockiej Jagiellonii zrobiło się głośno 3 września 2016 roku. To właśnie wtedy podopieczni Dariusza Bayera, wzmocnieni piłkarzami z pierwszej drużyny, przegrali na wyjeździe z Finishparkietem Drwęcą Nowe Miasto Lubawskie aż 0:6. Za karę ośmiu zawodników pierwszej drużyny zostało oddelegowanych do pracy z młodzieżą w jagiellońskiej Akademii. Krzysztof Karpieszuk, Dawid Szymonowicz, Marek Wasiluk, Jacek Góralski, Dmytro Chomczenowski, Karol Mackiewicz, Damian Szymański i Maciej Górski przez półtora miesiąca mieli okazję wykazać się w roli trenerów młodzieży.
Po rozwiązaniu rezerw najbardziej utalentowani zawodnicy, zostaną wypożyczeni do klubów pierwszej, drugiej lub w najgorszym razie trzeciej ligi. Niektórym piłkarzom z końcem czerwca wygasają umowy z klubem, reszta otrzyma wolną rękę w poszukiwaniu nowego pracodawcy